دانشگاه‌ها و موسسات آموزش عالی زیر نظر هیأت امنا اداره می گردند و تصمیمات کلی در اداره امور هر مؤسسه آموزش عالی و گسترش در تمام زمینه های ساختاری، مالی، آموزشی و پژوهشی توسط این رکن مهم صورت می پذیرد.
موسسه آموزش عالی الکترونیکی ایرانیان نیز به نوبه خود دارای یک هیأت امنا می‌باشد که ترکیب آن در اساسنامه مصوب شورای گسترش آموزش عالی به صورت زیر می‌باشد:
الف) یک نفر روحانی
ب) نماینده وزیر علوم، تحقیقات و فناوری
ج) سه تن از اعضای هیأت موسس
د) سه تا پنج نفراز اعضای هیأت علمی دانشگاه ها و موسسات آموزش عالی دیگر در مرتبه استادیاری و بالاتر با حداقل پنج سال سابقه کار آموزشی و پژوهشی.
هـ) همه افراد فوق با تأیید و حکم وزیر علوم، تحقیقات و فنآوری منصوب می‌گردند.
وظایف هیأت امناء:
- پیشنهاد رئیس مؤسسه به وزیر علوم ، تحقیقات و فناوری
- تصویب نمودار سازمانی و تشکیلات مؤسسه و آئین نامه های لازم بنا به پیشنهاد رئیس مؤسسه
- بررسی و تصویب بودجه جاری ، عمرانی و تحقیقاتی
- پیشنهاد طرح های توسعه ای
- تعیین خزانه دار و حسابرس رسمی مؤسسه
- تایید حساب ها و ترازنامه سالیانه مؤسسه با توجه به گزارش حسابرس مستقل
- تصویب مقررات استخدامی کارکنان
- پیشنهاد توسعه و یا انحلال رشته های آموزشی مؤسسه
- تصویب آیین نامه های مالیاتی و معاملاتی مؤسسه و شیوه نامه های آن
- تعیین میزان شهریه دانشجویان و اعلام آن به وزارت علوم ، تحقیقات و فناوری
- تصویب ظرفیت پذیرش دانشجو
